Ces dernières années, l'AFSCA a identifié de nombreux ruchers infectés par l'agent de la loque européenne. Contrairement à la plupart de ses voisins et à l'Union Européenne, cette maladie est toujours réglementée en Belgique, ce qui implique l'application de mesures de contrôle. Suite à la déclaration d'un foyer, est établi un périmètre de sécurité de 3km de rayon dans lequel l'AFSCA évalue l'état sanitaire des colonies d'abeilles et dans lequel le mouvement des colonies d'abeilles et le matériel apicole est interdit. En aout 2024, jusque 18 périmètres de sécurité étaient déclarés en Wallonie, 4 à Bruxelles et aucun en Flandre. La loque américaine quant à elle, s'est montrée moins fréquente ces dernières années mais était particulièrement fréquente en 2014, 2015, 2018 et 2019.
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